物流系现设有物流管理、电子商务两个专业。
物流管理专业，主要培养培养拥护党的路线方针政策，德、智、体、美全面发展，熟悉园区物流和城市配送物流的运作流程，掌握现代物流企业必备的采购、仓储与配送、运输调度、货运代理、信息处理等专业知识，具有采购、仓储与配送、运输调度、货运代理、信息处理等职业能力，面向菏泽及周边区域的生产企业、商品流通企业、物流服务企业、第三方物流企业等单位的高级技术应用性专门人才。   
        电子商务专业，主要培养岗位高素质技能型专门人才。学生应在掌握计算机及网络技术和经济、管理、商务知识的基础上，重点掌握从事商品、营销、物流、谈判、管理、电子商务营销、网站运营管理、电子商务交易等活动中技术、技能和实际工作的能力，具有良好的职业道德和敬业精神。
        物流管理专业核心课程与主要实践环节：物流概论、采购管理、仓储管理、成本管理、运输管理、配送管理、供应链管理、物流服务营销、现代物流管理、电子商务、会计基础、生产物流管理、国际货代、物流法规、工学结合、社会调查、课程设计、毕业实习、毕业论文等，以及主要特色课程和实践环节。
        电子商务专业核心课程与主要实践环节：电子商务概论、移动电子商务、网页设计与制作、网上开店、视觉表达设计、跨境运营管理、网络营销、电子商务物流管理、电子商务网站建设、电子金融与支付、图形图像处理、网络信息编辑、电子商务法律、工学结合、社会调查、课程设计、毕业实习、毕业论文等，以及主要特色课程和实践环节。